Школа №5 была основана в в 1990 году (приказ Сосновоборского ГОРОНО от 21 августа 1990г), открыв двери  для учащихся 1-9 классов. В 1992 году первые первоклассники переступили порог нового современного учебного учреждения. Началось становление дружного коллектива педагогов, учеников и родителей под руководством прекрасного человека, учителя русского языка и литературы,  Овчаренко Тамары Павловны. Каждый год школа принимала в свои ряды и выпускала в большую жизнь юных сосновобрцев. Рождались и крепли традиции школы. Вся система учебно-воспитательной деятельности была организована через коллективно-творческие дела. На базе школы были созданы фольклорный коллектив «Сударушка» (рук. Красильникова И.Н. и Красильников С.В.), классы хорового пения (рук. Агишева Т. А.), появилось творческое объединение -литературная гостиная (рук. Реут Г.Ю.). 

1 сентября 1999 на открытие нового блока присутствовал губернатор Красноярского края Лебедь Александр Михайлович. В 1998 году на базе школы начал функционировать Пункт централизованного тестирования выпускников (рук. Кислицина М.В.). Школа была оборудована первыми в Сосновоборске современными компьютерными классами и выделенной линией доступа в Интернет.
В 2000 году директором школы был назначен Храмцов Алексей Владимирович, педагог-психолог. C 2001 года школа №5 путем реорганизации (присоединение вечерней (сменной) школы) преобразована в МОУ "Центр образования г. Сосновоборска". Именно в этот период в школе  наряду с аттестатом об образовании подростки получали основы профподготовки таким профессиям как бухгалтер, сектретарь-делопроизводитель, автослесарь, сварщик.  Алексей Владимирович учредил в Сосновоборске Первый компьютерный фестиваль. Под его руководством был реализован проект по изменению предметно-эстетической среды школы: появились зоны активных занятий для учащихся начальных классов, живой угол, кабинет Совета старшеклассников, радио "Центр". Администрация школы в полном составе прошла профессиональную переподготовку при КГПУ им. Астафьева  и получили дипломы "Менеджеров образования". В 2002 году с целью реализации задач инклюзивного образования в Центр образования были организованы классы-комплекты  для детей с ограниченными возможностями здоровья ( VIII вида) (координатор направления Василюк О.В.)
В связи с переводом А.В.Храмцова на должность начальника Управления образования г.Сосновоборска с 2002 года директор ЦО был назначен Палеев Анатолий Викторович, учитель физической культуры. Под его руководством коллектив школы разработал новую образовательную программу, благодаря которой Центр образования стал  центром практической подготовки учащихся к взрослой жизни, оставаясь при этом местом, где ребенок комфортно проживает «здесь и теперь». В связи с падением рождаемости в городе возникла проблема набора детей в 1 классы. Необходимы были новые решения для привлечения в учреждение детей. Под руководством Анатолия Викторовича школа вступила в Ассоциацию центров образования Красноярского края. Была создана Детская маркетинговая служба (рук. Семенникова О.А.) с целью изучения потребностей участников образовательного процесса. Ежегодно проводились Дни открытых дверей для родителей будущих первоклассников, совершенствовалась материально-техническая база школы, привлекались новые педагоги.  В  2020-2011 уч. году блок начальной школы был перепрофилирован. тем самым были  созданы условия для получения дошкольного образования (заведующая Назарова И.Н.).Дошкольные группы просуществовали до 31 мая 2023г.
С 1 января 2013 года Центр образования был переименован в МБОУ "Средняя общеобразовательная школа №5". В 2015 году школа стала автономной организацией.
С января 2024 года школу возглавил Решетняк Валерий Викторович. С 09 октября 2024 года в целях повышения качества образования путем развития и углубления научной деятельности было принято решение о переименовании муниципального автономного общеобразовательного учреждения «Средняя общеобразовательная школа № 5» города Сосновоборска в муниципальное автономное общеобразовательное учреждение "Лицей № 5" города Сосновоборска.Предлагая различные формы обучения и имея опыт работы с различными  категориями учащихся, МАОУ «Лицей №5» г. Сосновоборска уже сегодня стал школой для всех, в том числе  для детей с ограниченными возможностями здоровья, для детей с отклоняющимся поведением, для детей, находящихся в трудной  жизненной ситуации. Так как качественный состав обучающихся очень неоднороден, особое внимание руководства школы сосредоточено на создании условий для полноценного включения в образовательное пространство школы каждого ребенка и его успешной социализации.
Образовательное учреждение имеет сильный потенциал для модернизации модели образовательной среды учреждения, обеспечивающей формирование и развитие ресурса каждого ребенка и педагога. 
С переходом в статус лицея изменились концептуальные векторы развития учреждения, заложенные в его программу. 
МАОУ «Лицей № 5» г. Сосновоборска активно внедряет элементы эффективно организующей учебно-исследовательской и метапредметной деятельностной среды:
- углубленное изучение математики, физики, химии, биологии, информатики с 7 класса;
- предпрофильная подготовка по естественнонаучным и техническим дисциплинам, начиная с 1 класса;
- профильное обучение в 10-11 классах;
- реализация образовательного проекта «Мое открытие», нацеленного на развитие проектных и учебно-исследовательских компетенций учащихся 8 классов;
- реализация курсов внеурочной деятельности,  направленных на организацию учебно-исследовательской деятельности учащихся 5-7 классов («Мои первые исследования», «Лаборатория юного химика», «Моя первая лаборатория», «Проектно-исследовательская деятельность: естественнонаучное направление»).
Директором лицея Решетняком В.В. налажено сотрудничество с Институтом физики имени Л.В. Киренского СО РАН, тесное взаимодействие с партнерскими организациями на основе соглашений (образовательным центром «Октопус», «Код будущего», краевой ассоциацией «Территория бизнес-развития»).
Новый взгляд на вопрос управления учреждением в государственной политике подтолкнул администрацию школы к разработке плана действий по включению в этот процесс общественной составляющей.  С этой целью в 2004 года были пересмотрены функции органа общественного управления – Управляющего совета. Теперь это верный помощник администрации, родителей и учеников.
На базе школы реализуются  8 программ дополнительного образования (подробнее http://shkola5sosn.ucoz.net/index/dob_obr/0-37):
В тесном сотрудничестве с  МАУ ДОД ДДТ реализуются сетевые программы для первоклассников "Просто -Я",  для учащихся 6-11 классов "Траектория" "Высший балл", "Маршрут в будущее":
С 2011 года в школе зарегистрирован школьный спортивный клуб "Центр" , где занимаются спортом не только учащиеся школы и жители микрорайона.  В ШСК "Центр" реализуются направления: спортивные игры, волейбол, настольный теннис (С.К.Филатов),  проект "ГТО" (Н.А.Кондратьева). (подробнее -http://shkola5sosn.ucoz.net/index/fsk_quot_centr_quot/0-36)
С 1 сентября 2021 на базе нашей школы  в рамках национального  проекта "Образование", Федерального проекта "Современная школа"   открылся Центр образования естественно-научной направленности "Точки роста" (рук. Казимирская Л.Б.) (подробнее - http://shkola5sosn.ucoz.net/index/tochka_rosta/0-53).
16 сентября 2022 года  благодаря спонсорским вложениям был открыт современный IT - класс , который стал  площадкой медиацентра  "PROсобытия".
    Лидерские, коммуникативные качества дети и подростки школы могут развивать в детских объединениях: Совет старшеклассников (подробнее -http://shkola5sosn.ucoz.net/index/samoupravlenie/0-17), Юные инспектора дороги  (рук. -Дудкин Р.В.), первичная ячейка   "Российского движения детей и молодежи" и Волонтерский отряд "Сердца помощи" (рук.Юрова Н.Ю.), патриотический отряд "Звезда" (Корепанова А.А.). С февраля 2023 года в тесном сотрудничестве с краевым проектом Территория бизнес развития было сформировано новое детское объединение Школьный бизнес-клуб "Кубик Рубика" (рук. Семенникова О.А.) 
С сентября 2023 года в школе организован Центр детских инициатив под руководством советника директора по воспитанию и взаимодействию с общественными организациями Юровой Н.Ю.
Ежегодно в  сентябре в школе проходить выборная кампания в Управляющий совет школы, а также в Совет старшеклассников и на должность президента школы. Лучшие учащиеся школы в январе принимают участие в школьном конкурсе "Ученик года" (подробнее - http://shkola5sosn.ucoz.net/index/uchenik_goda/0-24). По итогам учебного года лучшие классы награждаются грамотами и переходящим призом "Ника" в рамках конкурса "Класс года" В МАОУ "Лицей №5" был создан школьный музей "От истоков" (Колесник И.Ю., Семенникова О.А.), в 2021 году был  запущен информационный проект "Лента истории" https://www.tiki-toki.com/timeline/entry/1652377/-5-/  (Сверчкова В.Б.)